Наиболее точное измерение можно получить через апишные функции
using System;

namespace PerfCounter {

/// <summary>
/// Этот класс предоставляет "секундомер" для приложений,
/// требующих точного измерения времени
/// </summary>
public class Counter
{

[System.Runtime.InteropServices.DllImport("KERNEL32")]
private static extern bool QueryPerformanceCounter(ref
long lpPerformanceCount);

[System.Runtime.InteropServices.DllImport("KERNEL32")]
private static extern bool
QueryPerformanceFrequency(ref long lpFrequency);

long totalCount = 0;
long startCount = 0;
long stopCount = 0;
long freq = 0;

public void Start()
{
startCount = 0;
QueryPerformanceCounter(ref startCount);
}

public void Stop()
{
stopCount = 0;
QueryPerformanceCounter(ref stopCount);
totalCount += stopCount - startCount;
}

public void Reset()
{
totalCount = 0;
}

public float TotalSeconds
{
get
{
freq = 0;
QueryPerformanceFrequency(ref freq);
return((float) totalCount / (float) freq);
}
}

public double MFlops(double total_flops)
{
return (total_flops / (1e6 * TotalSeconds));
}

public override string ToString()
{
return String.Format("{0:F3} seconds", TotalSeconds);
}
}
}

см. http://www.microsoft.com/Rus/Msdn/Magazine/2004/03/ScienceComputing.mspx

Для QueryPerformanceCounter существует баг, в котором счетчик может прыгнуть вперед вплоть до нескольких секунд. А GetTickCount правильный, но там точность до миллисекунд.
http://support.microsoft.com/kb/274323

Хотя, не знаю, как с этим в Stopwatch, в документации об этом не написано.

Stopwatch работает с апи функциями QueryPerformanceCounter и QueryPerformanceFrequency
зачем ты велосипед сделал? :)